ഒന്നാമത്തെ വാതിലിലൂടെ തിരുമുഖവും, രണ്ടാമത്തെ വാതിലിലൂടെ തിരു ഉദരവും, മൂന്നാമത്തെ വാതിലിലൂടെ ഭഗവാന്റെ പാദ പദ്മങ്ങളും നമുക്ക് ദര്ശിയ്ക്കാവുന്നതാണ്. ഈരേഴു പതിന്നാലു ലോകങ്ങളുടെയും ഏക നാഥനായ ഭഗവാന് സ്വര്ഗ്ഗാധിപനായി ഇന്ദ്രനെ വാഴിയ്ക്കുകയും മഴയുടെ ദേവനായ വരുണനെ ഒരു പ്രധാനപ്പെട്ട വ്യക്തിയാക്കി ഇന്ദ്രലോകത്ത് അധിവസിപ്പിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. ഭൂമിയെ ഫലപൂയിഷ്ഠമാക്കുന്നതിനും ധനാര്ജ്ജനത്തിനും മഴ അത്യാവശ്യമായതിനാല് വരുണന്റെ സ്ഥാനവും തുലോം ചെറുതല്ല താനും . അതുപോലെ തന്നെ ഗ്രഹാധിപതിയായ ഇന്ദ്രനും ഗ്രഹങ്ങളുടെ സ്ഥാനം നിര്ണയിയ്ക്കുന്നതിനും രാത്രിയും പകലും അളക്കുന്നതിനും അതിലൂടെ നമ്മുടെ ജീവിതം സുഗമ മാക്കുന്നതിനും മറ്റുമുള്ള അദ്ദേഹത്തിന്റെ സംഭാവനകളും അപ്രമേയമാണ്. അതുപോലെ തന്നെയാണ് ശിവ ഹംസമായ രുദ്രന്മാരുടെയും സ്ഥാനം. ഇവര്ക്ക് മൂന്നുപേര്ക്കും ഒരിയ്ക്കല് എന്തോ പ്രവൃത്തി ദോഷത്തിന് ശാപം ലഭിയ്ക്കുകയ്ണ്ടായി. അങ്ങനെ അനന്ത പദ്മനാഭ സ്വാമിയാണ് ഇന്ദ്രനും, വരുണനും ഏകാദശി രുദ്രന്മാര്ക്കും ശാപമോക്ഷമരുളിയത്.
ഒരിയ്ക്കല് ഈ ക്ഷേത്രത്തിനടുത്തായി ദിവാകരയോഗി എന്നൊരു താപസന് പാര്ത്തിരുന്നു. ആദ്ധ്യാത്മിക കാര്യങ്ങളില് വളരെ താത്പര്യമുണ്ടായിരുന്ന ദിവാകരയോഗിയ്ക്ക് മുക്തിപ്രാപിയ്ക്കുന്നതില് വളരെയധികം താത്പര്യമുണ്ടായിരുന്നു. അതിനായി അദ്ദേഹം ഈ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന സ്ഥലത്ത് സലഗ്രാമപൂജ ആരംഭിച്ചു. ആ സമയത്ത് ഭഗവാന് കഷ്ടിച്ച് രണ്ടുവയസ്സ് മാത്രം പ്രായമുള്ളൊരു ബാലന്റെ രൂപത്തില് അവിടെ പ്രത്യക്ഷമാകുകയും ആ സാലഗ്രാമവുമെടുത്തുകൊണ്ട് ഓടി മറയുകയും ചെയ്തു. ഇതു കണ്ട ദിവാകര യോഗി ദേഷ്യത്തില് ബാലന് പിന്നാലെ പായുകയും അവസാനം ആ ബാലന് ഒരു വടവൃക്ഷത്തിന്റെ പൊത്തിലേയ്ക്ക് കയറി മറയുന്നത് അദ്ദേഹം കാണുമാറായി. അപ്പോള്തന്നെ ആ മരം കടപുഴുകി നിലം പതിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. അവിടെ ഭഗവാന് വിഷ്ണുരൂപത്തില് ദിവാകരയോഗിയ്ക്ക് പൂര്ണ്ണരൂപ ദര്ശനമരുളുകയും അദ്ദേഹത്തെ അനുഗ്രഹിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. കൂടാതെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രത്യേക അഭ്യര്ത്ഥന പ്രകാരം ഭഗവാന് ശയനരൂപിയായി പിന്നീട് പ്രത്യക്ഷമാകുകയും ചെയ്തു. അതിനുശേഷം എല്ലാദിവസവും ദിവാകരയോഗി ഭഗവാന് പൂജകളറ്പ്പിയ്ക്കാന് തുടങ്ങി.
ഭഗവാനിവിടെ പ്രത്യക്ഷമായ യഥാര്ത്ഥരൂപം തടിയിലായിരുന്നുവെങ്കിലും ഇപ്പോഴുള്ള രൂപം ഉണ്ടാക്കിയിരിയ്ക്കുന്നത് 12000 സാലഗ്രാമശിലകള്കൊണ്ടാണ്, അതിനുമുകളില് കടുശര്ക്കര(ചുണ്ണാമ്പിന്റെയും, വെണ്ണക്കല്ലിന്റെയും, ശര്ക്കരപാവിന്റെയും, കടുകിന്റെയും ഒരു മിശ്രിതം) തേച്ച് രൂപപ്പെടുത്തിയിരിയ്ക്കുന്നു.
കേരളത്തിലെ ക്ഷേത്ര നിര്മ്മാണ വൈദഗ്ദ്ധ്യങ്ങളുടെയും ദ്രാവിഡശില്പ ചാതുര്യത്തിന്റെയും ഒരു മിശ്രിതരുപമാണിവിടെ സമ്മേളിച്ചിരിയ്ക്കുന്നത്. പുറംചുവരുകളിലെല്ലാം ചുമര്ചിത്രങ്ങളാല് അലംകൃതമാണ് .
നരസിംഹദേവനും ശ്രീകൃഷ്ണനും ശ്രീ ഹനുമാനും ഇവിടെ പ്രത്യേക സന്നിധിയാണുള്ളത്. ഈ സന്നിധികളിലെല്ലാം തന്നെ ഇപ്പോഴും ഓരോ ലീലകള് നടക്കുന്നുണ്ടെന്നുള്ളതും ഈശ്വര സാക്ഷാത്കാരത്തിന്റെ മകുടോദാഹരണങ്ങളാണ്.
1750ലെ ചരിത്ര പ്രസിദ്ധമായൊരു ചടങ്ങിലൂടെ അന്ന് തിരുവിതാംകൂര് ഭരിച്ചിരുന്ന മാര്ത്താണ്ഡവര്മ്മ മഹാരാജാവ് തന്റെ രാജ്യത്തെ ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ വിഗ്രഹത്തിന് മുന്നില് ദക്ഷിണയായി അര്പ്പിയ്ക്കുകയും ഒരുദാനമായത് തിരിച്ചുവാങ്ങി പദ്മനാഭസേവകനായി അവിടം ഭരിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. അവിടുന്ന് തുടങ്ങി അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിന്ഗാമികളെല്ലാം തന്നെ അത് പിന്തുടരുകയാണുണ്ടായത്. ഇന്നീ ക്ഷേത്രത്തില്ക്കാണുന്ന പല പുതുക്ക പണികളുടെയും സൂത്രധാരന് മാര്ത്താണ്ഡവര്മ്മ മഹാരാജാവാണ്. 1798ല് പണിതീര്ന്ന പടിഞ്ഞാറന് ഗോപുരവും അദ്ദേഹത്തിന്റെ മറ്റൊരു സംഭാവനയാണ്.
സ്വര്ണ്ണത്താല് പൊതിഞ്ഞ കൊടിമരമാണിവിടുത്തെ മറ്റൊരു പ്രത്യേകത. കൊടിമരത്തിനടുത്തായൂള്ള കുലശേഖര മണ്ഡപം 17-അം നൂറ്റാണ്ടിലെ ശില്പചാതുര്യത്തിന്റെ ഉത്തമോദാഹരണമാണ്. 540അടി നീളത്തിലുള്ള പ്രകാരവും ദീപലക്ഷ്മികളാലംകൃതമായ കല്ത്തൂണുകളും ഇവിടുത്തെ മറ്റനേകം പ്രത്യേകതകളിലൊന്നാണ്.
യോഗനരസിംഹ പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് മുന്നിലായി സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഹനുമാന് സന്നിധിയില് വെണ്ണകാപ്പുകോലത്തിലെ നറുവെണ്ണ ഒരിയ്ക്കലും(ഏതു കാലാവസ്ഥയിലും) ഉരുകാറില്ലെന്നുള്ളതും ഇവിടുത്തെ മറ്റൊരു പ്രത്യേകതയാണ്. ഇത്തരം വൈചിത്യങ്ങളായ പ്രത്യേകതകളുള്ള ഈ ക്ഷേത്രം എന്തുകൊണ്ടും ഭക്തകോടികള്ക്കുള്ള ഒരു വരദാനം തന്നെയെന്നുള്ളതിന് സംശയം ലവലേശമില്ല തന്നെ.